Organi šole so:
- senat,
- akademski zbor,
- študentski svet,
- dekan,
- upravni odbor in
- direktor.
Senat je najvišji strokovni organ šole in ga trenutno sestavljajo:
- izr. prof. dr. Franci Avsec,
- Tina Banfi, pred.
- Ines Beznec, predstavnica študentov;
- akademik prof. dr. Marjan Blažič,
- mag. Borut Čampelj, viš. pred.,
- mag. Malči Grivec, pred.,
- dr. Laura Južnik Rotar, viš. pred.
- dr. Iva Konda, pred.,
- mag. Barbara Rodica, pred.
- Aida Salkić, predstavnica študentov in
- doc. dr. Jasmina Starc, dekanica.
Akademski zbor sestavljajo visokošolski učitelji, znanstveni sodelavci in visokošolski sodelavci, ki na dan seje akademskega zbora sodelujejo v izobraževalni in znanstvenoraziskovalni dejavnosti
Pri delu akademskega zbora sodeluje tudi 11 predstavnikov študentov.
Študentski svet je predstavniški organ študentov
Dekan je strokovni vodja šole. Zastopa šolo v okviru svojih nalog in pristojnosti in je odgovoren za zakonitost izobraževalne in znanstvenoraziskovalne dejavnosti šole. Od 01. junija 2010 dalje šolo, kot dekanica VŠUP, vodi doc. dr. Jasmina Starc (jasmina.starc@guest.arnes.si).
Organ upravljanja šole je upravni odbor, ki ga sestavljajo predstavniki ustanoviteljev šole, predstavnika delavcev šole in predstavnik študentov. Člani upravnega odbora so Jože Derganc, predsednik za poslovno leto 2012 (predstavnik ustanovitelja Visokošolsko središče, Novo mesto), mag. Ana Blažič, (predstavnica ustanovitelja Pedagoška obzorja, Novo mesto), , ddr. Janez Usenik (predstavnik ustanovitelja Biro 4D, Novo mesto), Tanja Radovan (predstavnica delavcev) in Andreja Hribar (predstavnica študentov).
Poslovodni organ - direktor